La storia si svolge nel periodo Muromachi, all'incirca tra il 1467 e il 1568, un periodo caratterizzato da continue lotte tra gli eserciti delle varie città per la conquistare e difendere i loro territori.
Improvvisamente ed inspiegabilmente la giovane Kagome arriva nel passato e viene riconosciuta dagli abitanti del villaggio come la reincarnazione di una potente sacerdotessa deceduta molti anni fa: Kikyo, colei che con una freccia uccise il demone Inu-Yasha prima di morire. Per quanto assurdo tutto sembra corrispondere a verità, infatti Kagome non solo è l'immagine fisica di Kikyo, ma quando viene attaccata dal demone millepiedi,che l'ha trascinato nel pozzo portandola in quello strano mondo, dimostra di avere dei poteri nascosti tipici di un antica sacerdotessa. Inoltre, cosa molto importante, nel suo corpo sembra essere nascosta la sfera degli Shikon, l'antico gioiello che Kikyo ha protetto a costo della sua vita.
All'arrivo di Kagome nel passato risveglia anche Inu-Yasha, il mezzo demone che molti anni prima venne imprigionato (e non ucciso) da una freccia di Kikyo. Inu-Yasha ha ricevuto la sua forza demoniaca da suo padre, un leggendario lupo-demone, mentre sua madre era un normale essere umano. Inu-Yasha è un demone molto potente, ma essendo demone solo a metà la sua forza non è completa, per questo motivo vuole impossessarsi della sfera degli Shikon che ha sia il potere di trasformarlo in un demone completo o di renderlo un normale essere umano. Ma Inu-Yasha non è l'unico a volere la sfera; il gioiello infatti è in grado di aumentare i poteri magici di chiunque e nel corso della serie non solo demoni ma anche esseri umani cercheranno di impossessarsene.
La ricerca della sfera diviene il motivo principale della storia, ma la situazione si complica enormemente quando Kagome, cercando di colpire con una freccia un demone che se ne era impossessato, frantuma in mille pezzi il gioiello, i cui frammenti vengono catapultati in luoghi diversi e in differenti dimensioni temporali