I Saint sono i cavalieri che da sempre proteggono la Dea Atena. Ogni volta che la pace viene minacciata essi tornano a nuova vita e sotto la guida della Dea lottano affinché il bene trionfi sul male.
Seiya per anni si è allenato in Grecia per diventare un Saint a alla fine ottiene la sacra armatura di Pegasus. Tornato in Giappone si reca alla Fondazione che anni prima lo aveva mandato in Grecia scoprendo così che sua sorella è scomparsa.
Saori Kido (Lady Isabel) sta organizzando "La guerra galattica" ma Seiya si rifiuta di parteciparvi e così la ragazza propone a Seiya un patto: se lui vincerà il torneo lei gli metterà a disposizione i mezzi della Fondazione per cercare sua sorella.
Suo malgrado Seiya accetta e così ritrova tutti gli altri ragazzi che anni prima erano stati in orfanotrofio con lui: Hyoga (Crystal) diventato Saint di Cygnus, Syriuu(Sirio) diventato Saint di Dragon, Shun (Andromeda) diventato Saint di Andromeda e molti altri.
Il torneo però viene interrotto in quanto l'armatura d'oro, trofeo per il vincitore, viene rubata.
Dopo diversi avvenimenti Seiya, Hyoga, Syriuu e Shun scoprono che Saori Kido, che di certo non stimano come persona, è la reincarnazione della Dea Atena e così accantonate e superate le loro opinioni negative sulla ragazza accettano di combattere al suo fianco per sconfiggere la minaccia del male che proviene dal Grande Tempio di Atene.