Anno 2000 d.C.: un gigantesco oggetto cade in Antartide. Secondo fonti ufficiali, si tratta di un asteroide, in realtà è un enorme organismo vivente, chiamato angelo. Gli esperimenti che vengono fatti su questo organismo, portarono al "Second Impact": un'esplosione di proporzioni bibliche, che causa il cambiamento della conformazione della Terra; il calore dell'esplosione porta allo scioglimento dei ghiacci e il conseguente innalzamento del livello del mare, le città costiere vengono inondate e la popolazione mondiale viene dimezzata.

Anno 2015 d.C.: Alle porte di Neo Tokyo-3, una città fortezza costruita dopo il second impact appare un altro angelo. Questa volta però l'uomo non è impreparato: l'agenzia segreta NERV, un organizzazione internazionale creata con lo scopo di trovare un arma per ostacolare gli invasori, ha creato gli Human Shaped Final Battle Weapon (Arma decisiva umanoide da combattimento multifunzione), nome in codice Evangelion (EVA): un gigantesco biomeccanismo antropomorfo creato dopo le analisi sul 1° angelo e costruito utilizzando materia vivente dello stesso.
Inizialmente sono disponibili due Evangelion: EVA-00 e EVA-01, ai quali ben presto se ne aggiungerà un altro, l'EVA-02. Queste creature (delle vere e proprie entità viventi, non semplici robot) sono alimentati da corrente elettrica, attraverso l'umbilical cable, un enorme cavo inserito nel dorso dell'Eva e possono essere pilotati solo da particolari ragazzi quattordicenni, in grado di sintonizzarsi neuralmente con l'unità Eva in modo di sfruttarne appieno l'incredibile potenza.
La guerra per il futuro dell'uomo ha inizio...